Az 1848-1849-es szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák amnesztiát kaptak ugyan, de sokukat besorozták a császári seregbe, a magasabb rangú katonatisztek, tisztviselők pedig hadbíróság elé kerültek. A tárgyalások sorrendjét a "bűnösség" foka határozta meg. Elsőként a "főbűnösök", Olmützben Batthyány Lajos gróf, volt miniszterelnök, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perét folytatták le.
A miniszterelnöki tisztségéről 1848. október 2-án lemondott Batthyányt még 1849 januárjában tartóztatták le. A szabadságharc bukása idején Olmützben raboskodó politikust a törvényszék augusztus 30-án felsőbb utasításra felségárulás vádjával kötél általi halálra és teljes vagyonelkobzásra ítélte. Koncepciós perében a bíróság megsértette még azt a bécsi utasítást is, hogy a felelősségre vonások csak az 1848. október 3-a utáni, a magyar parlament feloszlatását elrendelő királyi proklamáció utáni forradalmi cselekményekben való részvételre vonatkoztathatók. Egyedül az ő esetében korábbi cselekményei (többek között a külföldi hatalmakkal történő kapcsolatfelvétel, a horvátokkal és az osztrák kormánnyal történő megegyezés elmulasztása, az uralkodói jóváhagyás nélküli honvédújoncozás és papírpénz-kibocsátás) alkották a vád alapját. Az ítéletet nem a fiatal uralkodó, Ferenc József, hanem a Magyarországot teljhatalommal kormányzó Haynau táborszernagy erősítette meg 1849. október 5-én (a császár csak tájékoztatást kapott az ítéletek végrehajtásáról.)
Aradon 1849. szeptember 26-án 13 tábornokot és egy ezredest (Lázár Vilmost, aki szintén önálló seregtestet irányított) ítéltek halálra felségsértés és lázadás miatt. Haynau ezt szeptember 30-án hagyta jóvá, de Gáspár András, Ferenc József egykori lovaglómesterének büntetését az utolsó pillanatban börtönre változtatták.
A kivégzéseket október 6-ára, az egy évvel korábbi bécsi felkelés évfordulójára időzítették. A börtönként szolgáló pesti Újépületben Batthyány a kivégzés előtti éjjelen egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, és súlyos vérveszteséget szenvedett, de életben maradt. (Az akasztásnak akkoriban becstelenítő jellege volt, jobbára köztörvényeseknél alkalmazták.)
Ezek után Batthyányt nem lehetett felakasztani, de az ítéletet végre kellett hajtani, ezért a helyi parancsnok a kötél általi halálbüntetést saját hatáskörben "porra és golyóra" változtatta. A hír hallatán Haynau később idegrohamot kapott. Batthyány nem engedte a szemét bekötni, és maga vezényelt tüzet a kivégzőosztagnak, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: "Allez, Jäger! (Rajta, vadászok!) Éljen a haza!" Kivégzésének színhelyén, az egykori Újépület falánál 1926. október 6-án avatták fel a Pogány Móric tervei alapján készült Batthyány-örökmécsest, amely a szabadság jelképe lett, a kádárizmus utolsó éveiben a március 15-i ellenzéki tüntetések rendszeres színhelye volt. Magyarország első miniszterelnökének hamvai a Fiumei úti Nemzeti Sírkertben, a Batthyány-mauzóleumban nyugszanak.
Aradon ugyancsak október 6-án végezték ki a 13 honvédtábornokot: Aulich Lajost, Damjanich Jánost, Dessewffy Arisztidot, Kiss Ernőt, Knézich Károlyt, Láhner (Lahner) Györgyöt, Lázár Vilmost, Leiningen-Westerburg Károlyt, Nagysándor Józsefet, Poeltenberg Ernőt, Schweidel Józsefet, Török Ignácot és Vécsey Károlyt. A golyó általi halálra "kegyelmezett" Kisst, Schweidelt, Dessewffyt és Lázárt a vár északi sáncában hajnalban lőtték agyon, a többi elítéltet ezt követően a vártól délre sebtében összetákolt bitófákra akasztották fel. Elrettentésül a holttesteket estig az akasztófán hagyták, de ezzel éppen az ellenkező hatást érték el, mert a kivégzés helye valóságos búcsújáró hellyé vált. Ma az egykori vesztőhelyen emlékoszlop áll, a vértanúk emlékét a városban a 2004-ben visszaállított Szabadság-szobor, Zala György munkája őrzi.
Aradon 1850. februárjáig még három honvédtisztet végeztek ki, Ormai Norbert honvéd ezredest, Kazinczy Lajos honvéd ezredest (Kazinczy Ferenc fiát) és Ludwig Hauk alezredest, Bem tábornok hadsegédét. Lenkey János honvéd vezérőrnagyot azért nem végezték ki, mert a fogságban megtébolyodott, és a várbörtönben meghalt. A szabadságharc utáni megtorlások során hozzávetőleg 500 halálos ítéletet hoztak, és mintegy 110-et hajtottak végre. Az emigránsokat in effigie - távollétükben - végezték ki, azaz nevüket az akasztófára szögelték. A bosszúhullám csak 1850 júliusától mérséklődött, amikor az európai felháborodás miatt a bécsi udvar nyugdíjazta a "hatáskörét túllépő" Haynaut.